Скопје и Истанбул се поврзани со директен лет на авиокомпаниите Turkish Airlines и Pegasus Airlines.
Turkish Airlines слетува на аеродромот Ataturk со код IST, додека пак Pegasus Airlines слетува на аеродромот Sabiha Gokcen со код SAW.

Аеродромот Ататурк е именуван по креаторот на модерната турска држава, Мустафа Кемал Паша Ататурк. Тој е најголем аеродром во Турција и се наоѓа на четвртото место во Европа по бројот на патници и бројот на летови. Овој аеродром се наоѓа во европскиот дел на Истанбул, околу 24 километри западно од центарот на градот, и е поврзан со железница, автобус и траект.
Аеродромот Ататурк е главната база на Туркиш ерлајнс, и од него им овозможува на патниците врзани летови до повеќе од 280 дестинации низ Европа, Азија, Африка, Северна и Јужна Америка, која го зазема четвртото место меѓу авиокомпаниите во светот од страна на дестинација.

Aеродромот Сабиха Гокчен, бил именуван по првата жена пилот во Турција. Овој аеродром се наоѓа на трето место во Турција по бројот на патници и бројот на летови, (по Ататурк-Истанбул и Анталија). Aеродромот Сабиха Гокчен се наоѓа во азискиот дел, околу 35 километри југоисточно од центарот на Истанбул. Со градот е поврзан главно со автобуски линии ( директни линии има до плоштадот Таксим и до Кадикој ). Ова е најголемиот нискобуџетен авиопревозник и втора авиокомпанија по големина во Турција.

Аеродромот се користи како база која нуди добри врски за локалните дестинации во Турција, но исто така и за дестинации во Европа, Медитеранот, Блискиот Исток, но, исто така, Украина и градови во јужниот дел на Русија.